这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
一半是人，一半是猩猩的新英雄！猩猩人和恐怖分子展开激烈冲突！ ！恐怖组织「动物解放同盟（ALA）」攻击生物科学研究所时，救了怀孕的黑猩猩，这只黑猩猩产下了半人半猩猩的「猩猩人」查理。 15年后，查理在人类双亲的扶养下，进入高中就读，认识了人类女孩露西。另一方面，ALA的所作所为越来越激烈，甚至计画要查理加入他们！
当红男艺人…其实是女孩子！？不受欢迎的大学生恭平唯一的骄傲就是，他和男艺人有栖川炼其实是表兄关系。长大后他们就再没见过面了，某个夜晚，炼竟然偷偷溜进了恭平的公寓！然而，却因一场意外发现炼其实是女生！？
